Hiện nay chưa có quy định về việc giữ thẻ BHYT khi nằm viện, tuy nhiên thời gian qua có một số phát sinh thực tế bệnh nhân đang điều trị nội trú tại bệnh viện này nhưng phát sinh chi phí ngoại trú tại bệnh viện khác hoặc bệnh nhân đang điều trị ngoại trú ở ngoại tỉnh nhưng phát sinh chi phí nội trú nội tỉnh. Mặt khác, khi người bệnh đến KCB, cơ sở tra mã thẻ trên Hệ thống thông tuyến sau đó mới thực hiện KCB. Tuy nhiên có những cơ sở KCB thực hiện đưa dữ liệu lên Hệ thống giám định BHYT sau khi kết thúc đợt điều trị không đúng thời gian quy định nên xảy ra tình trạng trùng trên Hệ thống thông tin giám định. Chính vì thế cơ sở KCB giữ thẻ của bệnh nhân để tránh tình trạng trên.