Ngày 05/04/2012, Thứ trưởng, Tổng Giám đốc BHXH Việt Nam Lê Bạch Hồng ban hành Quyết định số 334/QĐ-BHXH về Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Giám định BHYT và Thanh toán đa tuyến. Là đơn vị trực thuộc BHXH Việt Nam, Trung tâm Giám định BHYT và Thanh toán đa tuyến có chức năng giúp Tổng Giám đốc BHXH Việt Nam quản lý thanh toán BHYT trên phạm vi cả nước, thực hiện việc giám định và thanh toán chi phí khám, chữa bệnh BHYT tại các bệnh viện tuyến Trung ương trực thuộc Bộ Y tế và một số bệnh viện trực thuộc Bộ, Ngành trên địa bàn HN và TPHCM.
 
Cụ thể là, Trung tâm Giám định BHYT và Thanh toán đa tuyến đảm nhận việc ký kết, tổ chức thực hiện giám định và thanh toán hợp đồng khám, chữa bệnh BHYT với các bệnh viện tuyến Trung ương trực thuộc Bộ Y tế và một số bệnh viện trực thuộc Bộ, ngành trên địa bàn HN và TPHCM; tổng hợp, thẩm định, thông báo đa tuyến cho BHXH các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, tiếp nhận và giám định lại các trường hợp từ chối, điều chỉnh đa tuyến đi đến ngoại tỉnh; kiểm tra, giám định lại công tác giám định và thanh toán đa tuyến của BHXH các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, tham gia đoàn kiểm tra công tác khám, chữa bệnh theo chế độ BHYT; phối hợp với các ban nghiệp vụ của BHXH Việt Nam xây dựng dự toán chi khám, chữa bệnh theo nhiệm vụ quy định; trả lời vướng mắc của các tổ chức, cá nhân liên quan đến việc thanh toán đa tuyến ngoại tỉnh; tham gia nghiên cứu khoa học, đào tạo, bồi dưỡng, tập huấn chuyên môn nghiệp vụ và tuyên tuyền chế độ chính sách pháp luật về BHYT; quản lý công chức, viên chức và tài sản của đơn vị theo quy định hiện hành; thực hiện chế độ tài chính, thông tin, thống kê, báo cáo và thực hiện các nhiệm vụ khác do Tổng Giám đốc giao.

Về mặt cơ cấu tổ chức và biên chế, Trung tâm Giám định BHYT và Thanh toán đa tuyến gồm Ban Giám đốc (Giám đốc quản lý, điều hành theo chế độ Thủ trưởng) và 04 phòng gồm: Phòng Tổ chức – Hành chính, Tài vụ - Kế toán, Nghiệp vụ Giám định 01 (Hà Nội) và Nghiệp vụ Giám định 02 (TPHCM). Một trong những hoạt động đầu tiên của Trung tâm Giám định BHYT và Thanh toán đa tuyến là ngày 17/04/2012 vừa qua đã hỗ trợ BHXH Việt Nam tổ chức thành công hội nghị gặp mặt đại diện lãnh đạo 21 bệnh viện tuyến Trung ương đóng trên địa bàn TP Hà Nội (BV Bạch Mai, BV Việt Đức, BV Phụ sản Trung ương, BV K, BV Mắt Trung ương, BV Răng – Hàm – Mặt Trung ương, BV Tai – Mũi – Họng Trung ương, BV Phối Trung ương, BV Châm cứu Trung ương, BV Nội tiết Trung ương, BV Nhi Trung ương, BV Hữu Nghị, BV E, BV 108, BV Y học cổ truyền Trung ương, BV Lão khoa Trung ương, BV Da liễu Trung ương, BV Nhiệt đới Trung ương, Viện Sốt rét ký sinh trùng, côn trùng, Viện Y học cổ truyền quân đội và Viện Huyết học và Truyền máu Trung ương). Mục đích của cuộc gặp mặt giữa các bên là để chuyển giao việc ký kết hợp đồng khám, chữa bệnh BHYT giữa các bệnh viện này với BHXH TP Hà Nội về Trung tâm Giám định BHYT và Thanh toán đa tuyến trực thuộc BHXH Việt Nam.