Việc trích chuyển CSSKBĐ được quy định tại Khoản 1 Điều 18 Thông tư liên tịch số 41/2014/TTLT-BYT-BTC ngày 24/11/2014 của liên Bộ Y tế, Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện bảo hiểm y tế. Trường hợp các cơ sở giáo dục mầm non, trường tiểu học, trường trung học cơ sở, trường trung học phổ thông, trường phổ thông có nhiều cấp học và trường chuyên biệt (gọi chung là trường học) không đủ điều kiện về nhân lực CSSKBĐ thì phải có hợp đồng với Trạm Y tế xã, phường, thị trấn (gọi tắt là Trạm Y tế xã) hoặc cơ sở khám bệnh, chữa bệnh (KCB) từ hình thức phòng khám đa khoa trở lên để CSSKBĐ cho học sinh theo quy định tại Điểm a Khoản 2 Điều 8 Thông tư liên tịch số 13/2016/TTLT-BYT-BGDĐT. Trong hợp đồng của trường học với Trạm Y tế xã, cơ sở KCB phải có cam kết về việc bố trí nhân lực có mặt thường xuyên tại trường học để thực hiện các hoạt động quản lý, bảo vệ và chăm sóc sức khỏe cho học sinh theo quy định tại Điều 9 Thông tư liên tịch số 13/2016/TTLT-BYT-BGDĐT, không thực hiện CSSKBĐ tại Trạm Y tế xã hoặc cơ sở KCB.
Trên cơ sở đó, nếu trường đảm bảo nội dung trên, nhà trường liên hệ với cơ quan BHXH nơi tham gia để được trích chuyển kinh phí chăm sóc sức khỏe ban đầu theo quy định.